耶鲁大学的一项新研究揭示了复杂的细胞通信系统，该系统允许免疫细胞对感染和癌症做出反应。这项发表在《自然方法》杂志上的研究揭示了不同的细胞是如何利用细胞因子相互交流来形成免疫反应的。
耶鲁大学的研究小组使用一种基于因果推理框架(cine - ot)的新计算方法，研究了个体免疫细胞如何对细胞因子或调节炎症的细胞释放的小蛋白质的组合做出反应。他们发现，某些细胞因子具有协同作用，与它们的个体作用相比，可以诱导独特的基因激活程序。细胞因子信号的密码就像一种语言，指导免疫细胞。
研究人员还使用CINEMA-OT来研究人类呼吸道在暴露于普通感冒病毒、香烟烟雾或两者兼而有之时的反应，使用实验室培养的人类肺组织。分析显示，在香烟烟雾存在的情况下，单个细胞对病毒感染的反应不同，烟雾抑制了许多细胞类型的抗病毒防御。
“由于测量细胞的过程具有破坏性，因此跟踪细胞反应具有挑战性。为了解决这个问题，我们建立了一个新的算法，利用因果推理的想法来匹配实验条件下的细胞，并推断细胞对信号的反应，”该论文的资深作者、医学和计算机科学助理教授大卫·范·戴克博士说。
“这项研究中使用的技术是作为开源软件开发的，供社区使用，为蜂窝通信提供了前所未有的窗口，”van Dijk继续说道。
该研究的资深作者之一、医学(肿瘤内科)、病理学和免疫生物学助理教授Jeffrey J. Ishizuka博士说:“破译细胞因子信号传导的规则将有助于更好地理解和操纵新兴免疫疗法的免疫反应。”
CINEMA-OT可以通过van Dijk实验室网站访问。该团队希望这项技术在全球范围内的应用将继续揭示免疫对话的语法，以加速生物学和医学的发现。
更多资料:董明泽等，单细胞实验微扰效应的CINEMA-OT因果识别，Nature Methods(2023)。DOI: 10.1038/s41592-023-02040-5期刊信息:Nature Methods
耶鲁大学医学院提供 引用:新的软件工具解码免疫细胞的细胞因子“语言”(2023,11月8日)，检索自https://medicalxpress.com/news/2023-11-software-tool-decodes-cytokine-language.html 作品受版权保护。除为私人学习或研究目的而进行的任何公平交易外，未经书面许可，不得转载任何部分。的有限公司 内容仅供参考之用。
